Prvi zapis o Kalesiji vezan je za putopisce od prije skoro hiljadu godina, u tom proteklom periodu Kalesija je prošla put od naselja muslimanskog plemena Kalisija do sadašnje Kalesije kao administrativnog, kulturnog i privrednog centra Gornje Spreče.
Maurski pisac Ebu Hamid el-Garnati, koji je putovao kroz Ugarsku 1151-1153. godine ostavio je bilješke o muslimanskim plemenima, koja su zajedno sa Mađarima došli u X vijeku na područje jugoistočne Evrope. U mađarskim muzejima ima dosta materijalnih dokaza o Kumanima, Kalisijama i drugim muslimanskim plemenima (Kumani i dr), njihovo prisustvo se najčešće vezuje za Mačvu, sjeveroistočnu Bosnu i Srijem. Ostao je trag u nazivu naselja Kalesija, što je vezano za boravak Kalisija na ovom području, koji su poslije progona iz Ugarske na ovom području formirali neku vrstu svog centra.
U vremenu nakon toga, Kalesija kao naselje se pominje i u osmanskom popisu nahije Spreča iz 1604. godine, pa onda kasnije na historijskim kartama i dokumentima sve do današnjih dana.
Začetak današnjeg gradskog naselja Kalesija može se vezati za početak XX vijeka i austrougarski period Bosne, kada je 1905.godine izgrađena osnovna škola i žandarmerijska stanica, na području između Prnjavora i tadašnje Kalesije (danas Gornja Kalesija). Kalesija postaje malom varošicom, sa nekoliko hanova, trgovačkih i obrtničkih radnji i većim brojem kuća usljed priliva stanovništva.
Nakon Prvog svjetskog rata Kalesija, a naročito od 1928. godine, kada Kalesija postaje sjedište opštine Spreča (Opština sprečanska), Kalesija postaje zanimljiva za doseljavanje trgovačkih i obrtničkih porodica, mahom iz drugih krajeva tadašnje i susjednih država.
Drugi svjetski rat donosi stradanja i razaranja, i samim tim novi zastoj u razvoju Kalesije.
Nova epoha Kalesije počinje 1958.godine, kada je od opština Memići i Tojšići formirana opština Kalesija i Kalesija postala centar nove opštine. Tada je izvršena nova administrativna reorganizacija Bosne i Hercegovine, na osnovu Zakona o izmjenama i dopunama zakona o području srezova i opština u NR BiH (objavljenog 28. juna 1958.godine). Do stvarnog zaživljavanja opštine Kalesija dolazi 13. decembra 1958. godine, kada su na sjednicama vijeća NOO Kalesija donijete odluke o ukidanju propisa dotadašnjih opština Memići i Tojšići.
Danas je Kalesija izrasla u administrativni, kulturni i privredni centar područja Gornje Spreče.
