Naselje se nalazi oko 7 km istočno od Kalesije. Šeherom se smatra i cijelo područje između rječice Mramorak i Sajtovićke rijeke, od sjevernih obronaka Bišine i Borogova u izvorišnom dijelu ovih rječica pa sve do Šeherskog odnosno Osmačkog polja na lijevoj strani Spreči. Samo naselje, a i okolno područje, u starijim izvorima naziva se i Šeherdžik (Šeherdžik na turskom jeziku ima značenje gradić).
Vjerovatno se prvobitno naselje nalazilo na lokalitetu Gradina (na uzvišenju Kik), iznad današnjeg sela Mramorak. S obzirom na činjenicu da se selo Mramorak razvilo ispod uzvišenja Gradina, gdje se vjerovatno nalazilo predhistorijsko naselje, i u neposrednoj blizini velike srednjevjekovne nekropole stećaka, može se pretpostaviti da se radi o jednom od najstarijih naselja Gornje Spreče. Do formiranja naselja na mjestu današnjeg Šehera, vjerovatno manje kasabe, došlo je u prvom stoljeću osmanskog prisustva u Bosnu. U opširnom popisu Bosanskog sandžaka iz 1604. godine navedeno je mjesto Mramorak, koje se sastojalo od sela Mramorak i bazara Mramorak. U samom mjestu (bazaru) Mramorku po navedenom popisu postoji mahala džamije Ahmed – begove, što ukazuje da se tu počelo razvijati gradsko naselje koje je vjerovatno kasnije i dobilo status kasabe. U selu Mramorak se među stanovnicima pominje više spahija, neki sa titulom bega, dok se u mahali među stanovnicima navode i imam, hatib, i mujezin navedene džamije. Ova džamija, za koju se navodi da je Ahmed–begova (po njenom utemeljitelju), imala je i određene prihode iz jednog uvakufljenog imanja u samom mjestu. Mada nije navedeno zanimanje svih stanovnika mjesta, činjenica da među popisanim ima i tabaka, zanatlija čije je prisustvo tipično za kasabe i gradove. Naziv današnjeg naselja proistekao je iz činjenice da je do formiranja ovakvog naselja došlo inicijativom lokalnih osmanskih vlasti, kao i kod drugih gradskih naselja u Bosni, s ciljem da se tu razvije grad odnosno šeher. Krajem osmanskog i početkom austrougarskog perioda u Bosni naselje je imalo naziv Šeherdžik, da bi se u XX vijeku ustalio današnji naziv Šeher.
Kako je pored Šehera prolazio važan put koji je povezivao Zvornik i Gornju Spreču sa Kladnjem, Sarajevom i ostalim dijelovima Bosne, tako da je bilo više hanova na tom području. Usmena predaja pamti postojanje hana u Šeheru, na lokaciji od džamije prema rijeci Mramorak. Zna se da je u samom mjestu bilo u osmansko doba više dućana, zadnji je bio dućan Ahmeta Balvanovića, a nalazio se na Omrazama. Iznad zaseoka Mramorak, jugozapadno od Gradine, nalazi se nekropola od tridesetak bogato ukrašenih stećaka.
Prema prvom austrougarskom popisu iz 1879. godine naselje je navedeno pod nazivom Šeherdžik, i nalazilo se u okviru opštine odnosno džemata Vacetina, kotar Vlasenica, a rezultati popisa stanovništva dati su sumarno, za cijelu Vacetinu.
Prema rezultatima narednog austrougarskog popisa od 1. maja 1885. godine mjesto je navedeno pod nazivom Šeherdžik, u opštini Vacetina, i imalo je 22 kuće i 135 stanovnika muslimanske vjere. Prema ekonomskom statusu bilo je najviše težaka (zemljoradnika), a navedena su i dvojica hodža u selu.
Popisom od 22. aprila 1895. godine mjesto je navedeno pod nazivom Šeherdžik, u opštini Vacetina, sa 22 kuće i 128 stanovnika muslimanske vjere. Navedeno je postojanje džamije u selu.
Rezultati posljednjeg austrougarskog popisa stanovništva od 10. oktobra 1910 godine konstatuju da u mjestu Šeherdžik, koje pripada opštini Vacetina (kotar Vlasenica) ima 32 kuća sa 156 stanovnika muslimanske vjere.
Prema popisu iz 1953. godine naselje Šeher imalo je 95 domaćinstava sa 609 stanovnika, i sastojalo se od samog mjesta Šeher (42 domaćinstva sa 254 stanovnika) i zaselaka: Cakori (4 domaćinstva sa 33 stanovnika), Like (28 domaćinstava sa 187 stanovnika), Mramorak (7 domaćinstava sa 53 stanovnika) i Pantelići (14 domaćinstava sa 82 stanovnika).
Prema rezultatima popisa iz 1991. godine Šeher je imao 1.187 stanovnika, od čega 915 Muslimana, 267 Srba, 1 Hrvat, 1 Jugosloven, 3 ostalih.
Zaseoci Šehera su Cakori, Pelemiši, i Pantelići, Mramorak, dok se Like, danas praktično povezane sa Šeherom, ipak smatraju zasebnim naseljem.
